Sinopsis:Cuando Optimus Prime y los Autobots descubren el Arca, una antigua nave espacial en la que viajaban sus precursores y que se estrelló en la cara oculta de la Luna, se sienten desengañados: La Humanidad ya había estudiado esto en la carrera espacial de los 60, pero a ellos nunca se les dijo nada de ello.

Todo comienza en Cybertron,en plena guerra. Una nave autobot escapa llevando una tecnologia que habria cambiado todo. Pero la nave se estrella en la Luna y desde la NASA deciden enviar personas alli para investigar el hecho.Ocho años despues el Apollo 11 llega al satelite y los astronautas entran en la nave y no encuentran vida.De regreso,el presidente les ordena no contar la existencia de la nave, pero en la Luna sigue atrapado un autobot vivo. Tiempo despues, Sam Witwicky vive con su nueva novia Carly y dos autobots llamados Wheelie y Brains. Sam habia recibido una medalla de honor por sus actos en Transformers: La venganza de los caidos. Iba a empezar una serie de entrevistas de trabajo, pero echaba de menos a Bumblebee y envidiaba a los autobots.

Mientras, los Autobots seguian librando luchas con los decepticons y humanos malvados. Un misterioso ruso pide ayuda a NEST para investigar un laboratorio en Chernobil que daba signos de Energon. Optimus Prime y el coronel Lennox van a investigar y encuentran una pieza crucial del Arca, una parte del motor de propulsión. Pronto son atacados por un decepticon enorme en forma de gusano llamado Driller y su compañero Shockwave, pero logran ganar y recuperan el objeto. El ruso que les pidio ayuda es visitado por Laserbeak y este le da las gracias por ayudar a los Decepticons.